Projektid

Euroopas diagnoositakse igal aastal veerand maailma vähijuhtumitest, mis teeb vähist piirkonna teise peamise surma ja haigestumise põhjuse südame-veresoonkonnahaiguste järel. Kui me ei võta otsustavaid meetmeid, suureneb vähisurmade arv ELis 2035. aastaks enam kui 24%, muutes vähi ELi peamiseks surmapõhjuseks. Piiriülene koostöö saab sellele väljakutsele vastu astuda, ühendades andmeid erinevatest allikatest ja vormidest ning tuues esile väärtuslikke teadmisi, mis süvendavad meie arusaama vähist. Kuid eetilised, juriidilised ja riiklikud regulatsioonid, samuti andmetele juurdepääsu protsessid – sealhulgas ELi isikuandmete kaitse üldmääruse (GDPR) erinevad tõlgendused – loovad olulisi takistusi. Euroopa vähiga seotud uurimistaristute tehnilised koostalitlusprobleemid ning patsientide ja kodanike õigus kontrollida, kes ja milleks nende isikuandmeid kasutab, muudavad andmete jagamise veelgi keerukamaks. Projekt pakub Euroopa teadlastele, VKEdele ja uuendajatele detsentraliseeritud koostöövõrgustikku nimega „UNCAN-CONNECT“ vähiteaduse tarbeks. See koosneb nii tehnilistest komponentidest kui ka valitsemis-, vastavus- ja tegevusraamistikust, mis põhineb UNCANi tegevusplaanil, eesmärgiga see ka tegelikult ellu viia. Eesmärk on hõlbustada juurdepääsu vähiandmetele, edendada avatud teadust ja muuta vähiteadust ning -ravi revolutsiooniliselt, kaasluues avatud lähtekoodiga „föderatsioonide föderatsiooni“ platvormi. Seda arendatakse konkreetsete kasutusjuhtude põhjal, keskendudes kuuele peamisele vähitüübile: pediaatriline vähk, lümfoidsed kasvajad, kõhunäärmevähk, munasarjavähk, kopsuvähk ja eesnäärmevähk, tehes aktiivset koostööd erinevate sidusrühmadega, sealhulgas teadlaste, VKEde, tööstuslike lõppkasutajate ja kodanikega. Projekt tugineb olemasolevatele Euroopa teadustaristutele nagu BBMRI ning algatustele nagu EOSC4CANCER, CanSERV, EUCAIM, et võimaldada sujuvat andmete salvestamist, jagamist, töötlemist ja neile juurdepääsu liikmesriikide ja seotud riikide vahel. See lähenemine soodustab koostalitlust ja koostööd, kiirendades arengut vähiteaduses. See tegevus on osa 2022. aastal loodud Vähimissiooni projektiklastrist „Mõistmine“.

SARS-CoV-2 uurimine toimub BSL3 (biosafety level 3) ohutustasemega laborites, mis on kallis ja pole sageli kättesaadav. See on tekitanud suure vajaduse lahenduste järele, mis võimaldaksid SARS-CoV-2 materjalidega töötamist madalama ohutustasemega laborites. Sellest vajadusest lähtuvalt on tekkinud koostöö Tartu Ülikooli viroloogidega (Prof. Merits ja Dr. Varjak). Antud projektil saab olema kaks väljundit, millest esimeseks on SARS-CoV-2 baasil loodud komplementeerimis-süsteemid (trans-replikaasid). Teiseks väljundiks on püsiliinide loomine, mis võimaldavad viiruse paljundamismasinat pakkida funktsionaalseid virione imiteerivateks osakesteks. Selline lähenemine võimaldaks tulevikus uurida uute mutatsioonide mõju viiruse paljundamisvõimele. Lisaks saab ka uurida SARS-CoV-2 neutraliseerivaid antikehasid ja teisi COVID-19 vastaseid ravimikandidaate. Seega, antud süsteemide väljatöötamine võimaldab tihedat koostööd haiglatega, et uurida patsientidest eraldatud antikehade toimet.

Helicobacter pylori (H. pylori) on inimese patogeen, kes koloniseerib mao limaskestasid rohkem kui poolel maailma elanikkonnast, põhjustades nii kroonilist gastriiti, peptilisi haavandeid kui maovähki. Erinevate virulentsusfaktorite, nagu CagA ja VacA, esinemine patogeensetel H. pylori tüvedel on seotud kõrgendatud vähiriskiga ja tugevasti muudetud signaali ülekanderadadega. Hiljutised uuringud on näidanud H. pylori mõju mao ja soolestiku mikrobiootale, mis võib põhjustada haiguseid nii soolestikus kui ka väljaspool seda. Meie uurimistöö peamine eesmärk on mõista H. pylori nakkuse mõju soolestiku mikrobiootale ning maksahaiguste aregule. Projekti täpsemateks eesmärkideks on: 1) Iseloomustada mao biopsiatest mao mikrobioomi ja H. pylori patogeensuse vaheline seos; 2) Määrata soolestiku mikrobioom endoskoopiapatsientide väljaheite proovidest; 3) Analüüsida H. pylori mõjutatud soolestiku mikrobioota ja maksa funktsioonide vahelist seost. Uuringusse kaasatakse üheksa Lääne-Tallinna Keskhaigla (Tallinn, Eesti) endoskoopia patsienti. Projekt on kavandatud pilootuuringuna, mis on väga oluliseks aluseks järgnevatele uuringutele hõlmates rohkem patsiente.

Uurimisprojekt käsitles inimese patogeeni Helicobacter pylori (H. pylori) erinevate tüvede mõju maksarakkudele. Projekti tulemused näitavad, et patogeensed (haigusttekitavad) H. pylori tüved stimuleerivad maksarakkudes invasiivsete rakustruktuuride (invadosoomide) teket, mis lagundavad ümbritsevat keskkonda. Rõngakujuliste invadosoomide tekke põhjuseks on H.pylori genoomis olev CagA, mis aktiveerib maksarakkudes põletikuvastuse, muudab rakkude kuju ja liikumisvõimet ning lagundab osaliselt rakkude omavahelised kontaktid. Sellised muutused häirivad maksarakkude normaalset talitlust ja käitumist ning võivad viia maksakahjustusteni. Antud uurimistöö tulemused on väga olulised, kuna selgitavad H. pylori erinevate tüvede mõju maksarakkudele. Oleme eriti uhked selle üle, et näitasime esmakordselt bakteriaalse valgu (CagA) võimet indutseerida invasiivseid rakustruktuure, invadosoome. Lisaks leidsime otsese seose maksarakkude põletikuvastuse ja invasiivsuse vahel, mis on oluline teadmine, selgitamaks patogeenide poolt põhjustatud maksakahjustuste tekkemehhanisme. Uurimistöö tulemused on olulised nii teadlaskonnale, arstidele kui ka ühiskonnale. Eesti täiskasvanute seas on H. pylori nakkus väga levinud (70%) ning läbiviidud uuringute kohaselt ringlevad Eestis patogeensed H. pylori tüved. Seega on selle bakteri uurimine Eestis väga asjakohane ning on oluline teada kas, kuidas ja millised H. pylori tüved võivad mõjutada maksahaiguste teket. Meie tulemused aitavad arstidel paremini mõista H. pylori nakkuse erinevaid aspekte ning toetavad personaalmeditsiini. Oleme uhked, et projekti raames on loodud H. pylori uurimisrühm, mis on koolitanud teadlasi, kes tunnevad H. pylori hingeelu ning oskavad käsitleda seda keerulist patogeeni.