Projektid

Rakuprotsesside rakenduste teadustaristu koondab Eestis oleva raku- ja molekulaarbioloogia alase oskusteabe ning arendab välja TÜ, TTÜ, TLÜ, EMÜ ning KBFI ühiskasutusega aparatuurikompleksi, mille eesmärk on arendada teadusalast kompetentsi ja teenuseid (i) mikroobsete protsesside rakenduste valdkonnas ning (ii) imetajarakkudes toimuvate protsesside rakendustes inimese tervisega seotud biomeditsiinitehnoloogiatele. Taristu visioon on kujundada Eestis olev rakuprotsesside alusuuringuid ja rakendusi koondav oskusteabe ning teenuskeskus, mis oleks oluliseks partneriks nii ravimikandidaatide arendajatele, meditsiiniasutustele kui ka tervise- biotehnoloogia ning keskkonna valdkonnaga tegelevatele era ja avaliku sektori asutustele. Koostöös partnerettevõtete ja asutustega tagatakse raku- ja molekulaarbioloogia meetodeid valdavate teadlaste järelkasv, kaugemas perspektiivis panustab taristu uute töökohtade loomisele ning targa ja elukeskkonda parandava majanduse edendamisele Eestis.

ELIXIR on rahvusvaheline hajutatud eluteaduste andmete taristu, mis ühendab riiklike bioinformaatika tippkeskuseid. Iga osalev organisatsioon panustab oma riigis välja töötatud teenuste, andmete, tööriistade ja andmebaaside ning koolituste näol. Koos töötatakse välja uusi standardeid, koostööraamistikke, koolitusi ja üleeuroopalisi tarkvarateenuseid. ELIXIRi tarkvarateenused ja andmebaasid on vaikimisi kõigile ühtmoodi vabalt kättesaadavad üle kogu maailma. Eesti ELIXIR arendab ja hoiab käigus maailma tipptasemel teadustarkvara ning pakub mitmekesiseid koolitusi Eestis tegutsevatele teadlastele era- ja avalikust sektorist.

Endokriinsüsteemi kahjustavad kemikaalid (EDC-d) võivad mõjutada naise viljakust. Kasutades tavapäraseid majapidamistarbeid ja kehahooldustooteid puutuvad inimesed EDC-dega pidevalt kokku. Seetõttu on oluline testida kemikaale nende võimaliku endokriinsüsteemi kahjustava toimete suhtes, mis võivad mõjutada inimese reproduktiivsust. Projekt MERLON eesmärk on uurida EDC-de mõju seksuaalarengule ja -funktsioonile, et töötada välja uued lähenemisviisid (NAM-id) EDC-de tuvastamiseks. Kui MERLON keskendub tundlikele arenguetappidele looteeast puberteedini, siis MERLON2 koos uue partneri TalTechiga lisab projekti veel ühe vastuvõtliku perioodi naiste reproduktiivses süsteemis: täiskasvanu munasarja folliikel, kus toimub munaraku küpsemine. Koostöös TalTechiga on hiljuti näidatud, et folliikulis sisalduvate somaatiliste rakkude (FSC-d) tundlikkus folliikuleid stimuleeriva hormooni (FSH) suhtes väheneb, kui folliikul sisaldab mitmete tuntud EDC-de segu. FSH on oluline nii munaraku küpsemiseks kui ka FSC-de poolt toodetud steroidhormoonide sünteesiks. Samuti oleme kirjeldanud somaatiliste rakkude keerukat heterogeensust munasarjafolliikulis. EDC-de kahjulik mõju FSC alampopulatsioonidele on aga teadmata ja MERLON algprojektis käsitlemata. MERLON2 täiendab konsortsiumi eesmärke, töötades välja NAM-e, mis põhinevad üksikraku transkriptoomikal, automaatsel pildianalüüsil ja masinõppel, et mõista EDC-de mõju FSC alampopulatsioonidele seoses nende tundlikkusega FSH suhtes. MERLON2 tulemusena laieneb sidusrühmade ring, suureneb avalikkuse teadlikkus EDC-de kahjulikest tervisemõjudest ning pakutakse uusi lähenemisviise, et lahendada igapäevatoodetes leiduvate ainete kahjuliku mõju testimise küsimust naise viljakuse kontekstis.

Erinevate rakutüüpide vaheline suhtlus munasarjas on munaraku küpsemise, ovulatsiooni ja kollaskeha funktsioonide aluseks. Häired rakkudevahelises kommunikatsioonis võivad olla polütsüstiliste munasarjade sündroomi (PCOS) või viljatusravis ebapiisava hormoonstimulatsiooni vastuse põhjustajaks. Käesolev projekt adresseerib rakkudevahelise suhtluse tähtsust inimese munasarjas interdistsiplinaarselt, ühendades teise ja kolmanda põlvkonna ning ühe raku RNA sekveneerimise meetodid (RNA-seq) ja süsteemibioloogilise analüüsi. Koostatakse munasarja granuloosrakkude populatsioone kirjeldav mRNA isovormide kaart, kirjeldatakse rakkude ja follikulaarvedeliku mikroRNA profiilid ning määratakse immuunrakkude osakaal ovulatsioonieelse folliikuli rakkudest. Saadud andmestike ühendamine võimaldab koostada rakkudevahelise suhtluse mudeli selgitamaks, millised signaalirajad on häiritud PCOS ja ebapiisava hormoonstimulatsiooni vastusega patsientide munasarjades.

Projekt eesmärk on arendada ja kirjeldada inimese granuloosrakkude pikaaegse in vitro kultuuri tingimused, et neid kasutada reproduktiivse biotehnoloogia ja toksikoloogia uuringutes. Projekti tulemused aitavad paremini mõista munasarjaga seonduvaid naise vilatuse probleeme.